После сплошной рубки изменяется состав и активность трофических групп микроорганизмов в почве и сапрофитных грибов на древесных остатках. Главным фактором таких изменений становится резкое изменение режима тепла и влаги на вырубках.
Некоторые виды микроорганизмов и дереворазрушающих грибов элиминируются экологическими условиями или существенно снижают свою активность и численность. Процесс восстановления видового разнообразия микобиоты и консортивных связей с растительностью идет параллельно с восстановлением древесной растительности. В частности, активность микроорганизмов почвы восстанавливается в течение 15-20 лет после сплошнолесосечной рубки. Однако нарушение рубками состава микобиоты приводит к увеличению численности облигатных и факультативных паразитов - возбудителей болезней крон и молодых деревьев (шютте, ржавчина, нектриевый рак). По мнению В.Г. Стороженко (1992), обеднение состава сапротрофных организмов в производных лесах приводит к преимущественному развитию более приспособленных и активных патогенных грибов (корневой губки, опенка и др.). Сапрофитные грибы на древесных остатках и в почве играют роль антагониста или естественного ограничителя распространения и развития многих видов патогенных грибов, не только возбудителей корневых гнилей, но и, например, фузариоза.
В первые годы после сплошной рубки в сосняках северной части России наибольший вред подросту и культурам сосны наносит снежное шютте (Phacidium infestans Karst.), отпад деревьев от которого составляет в Карелии около 5%, и незначительный отпад от A. mellea, который в этих условиях встречается редко (Крутов, 1989). Инфекция снежного шютте, как правило, усиливается с ухудшением лесорастительных условий и от близости к источникам инфекции. В последующие 10-15 лет после сплошной рубки в подзоне северной и средней тайги чаще всего встречается язвенный рак Biatoridina pinastru на сосновом подросте (Щедрова, 1965) и рак-серянка Peridermium pini (Wild.) Kleb., сосновый вертун Melampsora pinitorqua, который чаще всего образует очаги болезни во влажных типах сосняков и в соседстве с осиной как промежуточным хозяином.
Отпад от этой болезни на севере европейской части России может достигать 50-80% подроста и лесных культур сосны (Крутов, 1989). Сплошные рубки по очагам корневых гнилей не оказывают серьезного влияния на последующее развитие инфекции H. annosum и A. mellea, которые могут длительное время (15-30 лет) сохраняться на корнях деревьев и пнях как сапрофиты, формируя инфекционный фон, и получая в дальнейшем преимущество в распространении и развитии. Например, в сосновых молодняках Карелии, созданных на зараженных площадях, отпад деревьев от опенка составляет до 50% деревьев (Крутов, Волкова, 1967).