При прохождении сквозь канал извергательной трубки тело церкария нитевидно вытягивается и при попадании в копеподу выбрасывается в фаринкс ракообразного.
В собственно теле церкария в зависимости от вида трематоды внутренние органы бывают более или менее дифференцированы.
Тело церкария снабжено ротовой и брюшной присосками. Имеется фаринкс. Бифуркация кишечника лежит между ротовой и брюшной присосками.
Кишечные стволы расположены латерально, простираясь до переднего края экскреторного пузыря. Экскреторная система состоит из экскреторного пузыря, от которого отходят вперед с каждой стороны две экскреторные ветви, соединяющиеся между собой на уровне фаринкса. У церкария заметны пламеневидные клетки.
Другой тип церкария, встречающийся у гемиурат, это церкарий представителей семейства Haplosplanchnidae.
Этот церкарий отличается в основном тем, что у него отсутствует специальный бульбус, в котором заключено собственно тело церкария, с выводной трубкой и собственно хвостом.
Развитие церкария Halipegus occidualis Siafford, 1905 (Halipegidae) (по Круллу, 1935)
а — развивающийся цистофороидный церкарий; б — церкарий; в — рукоятка церкария, видны 6 плавников; г — придатки церкария после выделения собственно тела церкария; д — собственно тело церкария, вентрально.
Развитие церкария Halipegus eccentricusThom&s, 1939 (Halipegidae) (по Томасу, 1939)
а — бульбус цистофороидного церкария с эксцистированным церкарием, экскреторный канал внутри бульбуса; б — эксцистированный и прикрепившийся церкарий; в —цистофороидный церкарий вскоре после выхождения из хозяина —моллюска; г — эксцистированный церкарий с вытянутым экскреторным каналом.