Ротовое отверстие находится на дне ротовой присоски. Оно ведет в мышечный фаринкс.
У представителей родов, входящих в подсемейство Rhynchopharynginae (семейство Accacoeliidae) строение фаринкса сложнее, чем у остальных семейств гемиурат. У рода Rhynchopharynx непосредственно впереди фаринкса располагается особый мышечный пузыревидный орган, вентральная стенка которого вытянута спереди, образуя выступающий в префаринкс хоботок. Комплекс анатомических элементов, образующих фарингеальный хоботок, мы именуем термином «ринхофаринкс».
У второго рода этого подсемейства — Paratetrochetus — фаринкс снабжен тонким передним выростом, входящим в просвет конического возвышения, лежащего в основании полости ротовой присоски.
Иногда у гемиурат имеется префаринкс. За фаринксом иногда следует пищевод.
От пищевода или, если он отсутствует, от фаринкса отходят два кишечных ствола, оканчивающиеся обычно слепо на большем или меньшем расстоянии от заднего конца тела. У некоторых представителей гемиурат задние концы кишечных стволов сливаются, образуя кишечную арку (роды: Syncoelium, Progonus, Ophiocorchis, Genarchopsis).
Иногда кишечные стволы имеют форму буквы «Н»; два коротких отростка направлены вперед, от которых в свою очередь отходят дивертикулы, а два длинных кишечных ствола направляются к заднему концу тела, где они открываются в экскреторный пузырь, образуя уропрокт (семейства Accacoeliidae, Ptychogonimidae). У рода Haplosplanchnus кишечник представлен одним медианно расположенным стволом, заканчивающимся слепо.
У некоторых гемиурат кишечник снабжен особыми «железистыми желудочками», со своеобразным гистологическим отроением (семейства Bathycotylidae, Isoparorchidae).