Ротовая присоска достигает 0,2 мм в диаметре, а непосредственно к ней прилегающий фаринкс имеет длину 0,2 мм и ширину 0,14 мм.
Префаринкса нет. Пищевод доходит до брюшной присоски, где разделяется на два кишечных ствола; длина его равна 1,1 мм.
Экскреторная система очень мощно развита. Половые органы типичного для рода Echinostoma строения. Половые протоки открываются позади выступающей брюшной присоски. В противоположность большинству мелких видов рода, у E. armatum цпррус хорошо развит. Сжатая мощной брюшной присоской половая бурса достигает в длину 0,5 мм и в ширину 0,34 мм.
Семенники овальные, достигают 0,8 мм длины при ширине 0,5 мм; передний из них лежит на расстоянии 5,2 мм позади брюшной присоски, а непосредственно позади него находится задний. Женское половое отверстие находится позади мужского. Терминальная часть матки на довольно значительном расстоянии позади брюшной присоски имеет хорошо развитые мышцы. Описывая многочисленные петли, матка направляется к мощно развитому тельцу Мелиса, общая масса которого значительно превосходит по величине яичник. Оно лежит непосредственно впереди семенников, а впереди него вплотную расположен яичник; благодаря этому яйцевод очень короткий.
Лауреров канал направлен прямо к дорзальной поверхности и открывается на маленьком сосочке. В просвете матки, пронизывающей тельце Мелиса своими многочисленными петлями, видны зрелые яйца. Желточный резервуар маленький и содержит желточные клетки пятиугольной формы, заполненные желточными зернышками. Латерально расположенные желточники начинаются на небольшом расстоянии от брюшной присоски и доходят до заднего конца тела. В задней половине тела, до области семенников, желточники занимают дорзальную, вентральную и латеральные периферические зоны, тогда как спереди желточные фолликулы заполняют лишь латеральные и дорзальные участки, а вентральный участок от них свободен. Зрелые яйца в матке достигают 0,03 X 0,06 мм.