Система семейства Acanthostomatidae до настоящего времени точно не установлена.
Как уже было сказано выше, Похе в семейство Acanthostomatidae включил, наряду с родами Acanthostomum, Anisocoelium и Anisocladium, роды Anoictostoma, Caecincola, Cryptogonimus, Allocanthochasmus, Gymnophallus и Aphallus. Род Anoictostoma оказался синонимом рода Acanthostomum; род Aphallus является синонимом рода Paracryptogonimus Yamaguti и относится к семейству Cryptogonimidae, к этому семейству относятся и роды Cryptogonimus, Caecincolam AUocanthochasmus. Род Gymnophallus к семейству Acanthostomatidae не относится, так как представители этого рода паразитируют в печени птиц и по морфологии резко отличаются от всех представителей Acanthostomatidae, они не имеют семяприемника, отличаются короткими кишечными ветвями, небольшими компактными желточниками и другим расположением семенников и яичника.
Что же касается системы семейства Acanthostomatidae, то следует отметить, что Прайс (Price) в 1940 году включил это семейство в надсемейство Opisthorchoidea и отнес к нему подсемейства Acanthostomatinae, Anisocoeliinae, Isocoeliinae и Oesophagicolinae.
Но Дауэс в 1946 году дает другую систему. Он признает только одно подсемейство в этом семействе — Acanthostomatinae, к которому относит три вида: Acanthostomum, Anisocoelium и Anisocladium.
Дольфю в 1950 году принимает систему Прайса и прибавляет еще одно описанное им новое подсемейство — Brientrematinae.
Мы на основании того, что все представители семейства Acanthostomatidae имеют более или менее развитый генитальный синус, а многие из них снабжены и половой присоской, относим семейство Acanthostomatidae к надсемейству Heterophyoidea и включаем в него пять подсемейств: Acanthostomatinae с двумя родами — Acanthostomum и Atrophecoecum; Anisocoeliinae с двумя родами — Anisocoelium и Anisocladium, Isocoeliinae с двумя родами — Isocoelium и Paraisocoelium, Oesophagicolinae с одним родом Oesophagicola; Brientrematinae Dollfus, 1950 с двумя родами — Brientrema Dollfus, 1950 и Gymnatrema Morosov, 1955.