Матка сильно скручена, особенно в передней своей части, и занимает пространство между кишечными стволами от яичника до уровня полового отверстия.
Передняя часть матки проникает в метратерм, который не очень мощно развит, обладает толстыми железистыми стенками и узким внутренним слоем продольных мышц. Метратерм лежит слева от половой бурсы и суживается к половому отверстию. Яйца имеют по одному длинному филаменту на каждом конце; длина яиц 0,019—0,023 X 0,009— 0,013 мм; длина филаментов 0,083—0,106 мм.
Экскреторное отверстие окружено мышцами и расположено на заднем конце тела. Экскреторный пузырь необычного строения: он очень крупный, заполняет не менее одной пятой длины тела от заднего конца и обладает толстыми, железистыми, складчатыми стенками. Пузырь раздваивается непосредственно позади концов кишечных стволов, причем у всех исследованных экземпляров левая ветвь возле бифуркации была сильно утолщена. Ветви проходят вперед дорзально от кишечных стволов в виде неправильных, неразветвленных узких трубок, соединяясь друг с другом дорзально от ротовой присоски. Каждая ветвь заворачивает, описывая полный круг на уровне присоски перед соединением с другой ветвью.
Единственной близкой формой является род Teloporia, к которому Cetiosaccus приближается по своим простым кишечным стволам, форме и положению семенников и яичника, отсутствию семяприемника, медианному положению полового отверстия и форме яиц. Однако Cetiosaccus резко отличается от Teloporia, особенно своей экскреторной системой с железистым пузырем и соединяющимися ветвями, шаровидной половой бурсой, своеобразным половым сосочком и компактно скрученным семенным пузырьком, разделяющимся на два отдела.