Желточники неодинаковой длины, причем правый несколько длиннее, достигая 0,67 мм, а левый 0,50 мм.
Поперечные желточные протоки проходят дугой над семенниками и образуют медианный треугольный желточный резервуар. Семяприемник маленький, но хорошо развитой. Матка лежит позади брюшной присоски, между кишечными стволами. Метратерм идет вперед, вдоль правой стороны брюшной присоски и между семенниками, заворачивает влево, вдоль синуса половой присоски, и входит в нее рядом с мужским половым отверстием.
Яйца многочисленные, очень мелкие, с крышечками, светло желтого цвета, достигают 0,005—0,008 X 0,0026—0 0041 мм.
Ветви экскреторного пузыря направляются к передней части тела и на уровне пищевода идут параллельно вперед, оканчиваясь слепо возле ротовой присоски. В области семенников обе ветви сближаются. Экскреторное отверстие терминальное, расположено на заднем конце тела.
Mehratrema polynemusinis имеет большое сходство с М. dollfusi (из тонкого отдела кишечника Scatophagus argus) по наличию хорошо развитой половой бурсы и половой присоски, а также благодаря почти равным соотношениям размеров присосок и положению яичника впереди семенников. Однако он отличается от М. dollfusi значительно меньшим размером, отсутствием своеобразного метратерма, длиною кишечных стволов и желточников, расположением петель матки, положением семенников и полового отверстия.
Его кишечные стволы не заходят так далеко назад, как у М. dollfusi, а желточники не доходят спереди до яичника, а сзади не оканчиваются значительно раньше концов кишечных стволов, как это наблюдается у М. dollfusi. Кроме того, у М. polynemusinis желточные фолликулы шаровидные, а не грушевидные, а расположение петель матки совершенно иное, причем они ограничены только областью позади брюшной присоски.