Церкарии сохраняют жизнеспособность в воде обычно не более 1—3 суток (при низкой температуре больше!) и гибнут, если не встретятся с подходящим хозяином, в кожу которого они могут внедряться.
Это внедрение у человека и у животных чаще всего происходит на конечностях, которые погружаются в воду. В акте проникновения играют роль полый стилет, пробуравливающий покровы, и секреты специальных желез, имеющихся у церкариев — головной железы и нескольких пар желез внедрения. Эти железы выделяют протеолитические вещества, которыми расплавляются ткани. Читкокк (1949) путем непосредственного наблюдения установил, что церкарии Sch. mansoni проникают в кожу хомяка в течение 2—15 минут, в среднем за 4,3 минуты, а в кожу мышей в течение от 2,5 до 8 минут, в среднем 3,6 минуты.
В момент внедрения они прикрепляются ротовой присоской и принимают перпендикулярное к поверхности кожи положение. При этом хвост энергично двигается; он отбрасывается лишь после полного внедрения в кожу.
Заражение человека происходит преимущественно через кожу, но церкарии могут также проникать через наружные слизистые оболочки, а также через слизистые оболочки рта и верхних отделов пищеварительного тракта. У животных заражение часто происходит через питьевую воду: церкарии могут проникать через слизистые оболочки языка, рта, пищевода и (у жвачных) первых трех отделов желудка (рубца, сетки, книжки).
Миграция шистозом в организме дефинитивного хозяина. Пробираясь далее через слои кожи, паразит (теперь уже именуемый шистозомулой) попадает в конечном итоге в периферическую вену. Дальше шистозомулы совершают свой путь по кровеносному руслу пассивно. Они заносятся через сердце в малый круг кровообращения и большею частью проходят через легочные капилляры в большой круг кровообращения. По-видимому, шистозомулы не обладают определенным таксисом, дающим им направление именно в портальную систему, однако большая часть паразитов попадает сюда, и здесь протекает их дальнейшее развитие. Шистозомулы, попадающие в другие места организма и застревающие там, погибают, как полагает большинство авторов.
Развивающиеся в портальной системе шистозомулы вначале пребывают в сосудах печени, затем, по мере созревания, самцы и самки копулируют и переходят в мезентериальные сосуды, где самка и откладывает яйца в мельчайших венулах. В яйцах созревает мирацидий. Выделенные им секреты просачиваются сквозь оболочки яйца и лизируют ткани. С помощью этого процесса, а также (у ряда видов) благодаря наличию острых концов или шипов на яйце, последние прокладывают себе дорогу в ткани и из тканей в просвет.