Значительные различия наблюдаются в строении и расположении желточников у разных видов циклоцелиид.
Они обычно состоят из двух главных стволов, которые располагаются кнаружи от ветвей кишечника. Железы состоят из мелких фолликулов вокруг стволов. Наличие этих желез является постоянным признаком в пределах вида.
У некоторых видов (например, у представителей рода Тyphlocoelum) желточные фолликулы развиты слабо. Различают два типа желточников, в зависимости от того, соединяются они в задней части тела или нет. Если стволы желточников не соединяются, они могут лежать в паренхиме почти в середине между стенками тела и наружным краем кишечника или, наоборот, сближаются со стенками тела. Сильное развитие побочных ветвей наблюдается у Cyclocoelum microstomum и Cycloc. pseudomicrostomum, в также в роде Hyptiasmus, где ветви желточников образуют сплетение вокруг кишечника.
Содержимое желточников, при помощи двух коротких протоков, впадающих в желточный резервуар позади тельца Мелиса, вливается в оотип. Мешок цирруса у представителей этого семейства имеет однообразное строение. По описанию Харра, он вытянут в длину и сильно варьирует по своим размерам. Большая часть его внутреннего пространства заполнена расширенным семенным пузырьком, от которого отходит слабо развитая pars prostatica. Семеизвергательный канал у многих видов образует ряд петель внутри цирруса.
Циррус короткий, цилиндрический, невооруженный. Половые железы цельнокрайние, округлой или эллиптической формы, за исключением Cycloc. vicarium (Arnsdorff), где семенники лопастные, и Typhloc. cucumerinum, у которого они разветвляются. Семенники обычно располагаются в заднем конце тела и только у Cycloc. oculolium (Cohn) и Bothriogaster variolaris они находятся в середине тела.