Яйца светлого желтовато-коричневого цвета. Крышечка плотно прилегает к плечевидному утолщению оболочки.
В момент кладки яйца обычно содержат зрелого мирацидия, который, подобно мирацидию Opisthorchis felineus, характеризуется асимметрией внутренних органов. Муто считает, что вылупление мирацидия из яйца происходит в воде, так что мирацидий активно проникает в тело моллюска. Фауст же считает, что вылупление из яйца мирацидия происходит в теле моллюска, когда последний заглатывает яйцо клонорхиса.
Согласно воззрениям Фауста, из жизнеспособных яиц, пассивно заглоченных некоторыми моллюсками сем. Bithyniidae и Melanidae (Parafossarulus striatulus, Bithynia fuchsiana, B. longicornis, Melania labertina, M. hongkonensis), вылупляются в пищеводе моллюска мирацидии, которые проникают сквозь стенку кишечника в около-пищеводное лимфатическое пространство, где и превращаются в спороцисту, мигрирующую к межпеченочным лимфатическим синусам. Здесь, в спороцисте, развиваются редии, которые, в свою очередь, продуцируют церкариев с волнистыми хвостами, типа лофоцерка, и пигментированными глазками.
Церкарии, достигнув зрелости, прорывают стенку тела редии, а затем проникают через внешние слои тканей моллюска и выходят в воду, где энергично плавают. Проплывая мимо пресноводных рыб, церкарии активно нападают на них, проникают под чешую и в тело, сбрасывая тем временем свои хвостовые придатки. Установлено, что 34 вида пресноводных рыб из сем. Percidae, Gohiidae и Anabantidae в Китае, Японии, Корее и Формозе являются дополнительными хозяевами Clonorchis. После проникновения в рыбу начинается медленное выделение через отверстие кутикулы цистогенной жидкости, которая затвердевает, образуя шаровидную или овальную капсулу.