Необходимость колониальной стадии как способа возникновения многоклеточных животных обсуждена, в предыдущем разделе.
Можно указать и причину образования колоний: они возникли как защита от хищников [Хлебович, Орфеев, 1975; Шульман, 1977]. Объединение в колонии не защищает протистов от нападения многоклеточных животных, но достаточно защищает от хищников-протистов, даже полизнергидных.
Пальмеллы, в которых клетки не контактируют друг с другом непосредственно, а объединяются студенистым веществом, встречаются и у автотрофных и у гетеротрофных эукариот. Однако как предки многоклеточных они не перспективны. Среди них нет рядов прогрессирующих форм, часто выражена тенденция к утрате подвижности и жгутиков [Курсанов, Комарницкий, 1945]. Среди протомонадин, к которым принадлежат и хоанофлагелляты, пальмеллы встречаются редко. Прямой контакт клеток — прогрессивная черта. Для интеграции клеток пальмеллы в ценобий необходима редукция межклеточного студня, поэтому колонии справедливо находятся в центре внимания как форма, предшествующая многоклеточным.
Поскольку мы вслед за А. А. Захваткиным допускаем, что предок-протист мог быть метагенетическим, возникает вопрос, касалась ли интеграция в колонию только одной или всех фаз его жизненного цикла. А. А. Захваткин не дает вполне удовлетворительных ответов [Иванова-Казас, Иванов, 1967], но, в общем, предполагает интеграцию цитотипов разных фаз цикла в один метазоон. Интеграция в принципе может идти двумя путями.
1. Все цитотипы, кроме зиготы, интегрируются в одну колонию. Колония сразу или вскоре после своего возникновения состоит из разных клеток. Но у наиболее вероятных предков Metazoa, хоанофлагеллят, известны только колонии, состоящие из клеток одного типа (хоаноцитов).
2. Вероятнее, что происходила интеграция лишь однородных клеток. Здесь возможны варианты: прочие фазы жизненного цикла также породили колонии, но из иных цитотипов; клетки, представляющие другие фазы цикла, вначале остались одиночными.