У физалоптероидей мы наблюдаем своеобразное формирование мезостома. Однако ротовая полость коротка и окружена пищеводной тканью.
Среди физалоптерид у рода Thubunaea ротовая капсула латерально сжата, тогда как у родов Physaloptera, Abbreviata, Skrjabinoptera она редуцирована, и пищеводная ткань примыкает к основаниям псевдолабий.
Та же картина наблюдается у гнатостоматид (Gnathostoma, Tanqua). На переднем конце этих форм просвет пищевода открывается дорзо-вентрально, соединяясь с основанием губ.
Спирураты имеют две особенности в строении пищевода: многоклеточность пищеводных желез и наличие отверстия дорзальной железы в железистом (заднем) отделе пищевода. Пищевод спирурат цилиндрический или разделенный на узкую переднюю мышечную и широкую заднюю железистую части. У форм с цилиндрическим пищеводом эти отделы различаются по гистологической природе. Указанные различия не имеют филогенетического значения и могут быть встречены у близких родов.
Гомологизируя строение пищевода спирурат таковому примитивных рабдитат, можно с известной степенью уверенности сказать, что передний мышечный отдел гомологичен передней части пищевода последних, а задний, железистый — средней части и области бульбуса. Выростов пищевода у спирурат не наблюдается.
Просвет пищевода может быть простым, трехлучевым как у Rictularia coloradensis, может быть расширен, как у рода Ascarophis, или содержать краевые «трубки», как у Desmidocercella numidica.
Кишечник спирурат, как правило, лишен выростов. Единственное исключение составляет род Omeia. У самок тетрамерид кишечник расширен, мешковиден и резко выделяется благодаря темному цвету.
Хсю (Hsu, 1933) описал перитрофическую мембрану, охватывающую содержимое пищеварительного тракта у Physaloptera clausa. Подобная мембрана до сих пор отмечалась лишь у членистоногих.