Тело личинки делится на голову, грудь и брюшко и несет многочисленные, обычно перистые волоски, которые облегчают плавание, вследствие увеличения сопротивления воде, а также служат для улавливания малейших колебаний среды.
При приближении врага личинка быстро опускается вниз или резко меняет свое положение. По бокам головы расположены небольшие глазки и хорошо развитые сложные глаза; последние появляются обычно на третьей, а иногда на четвертой возрастной стадии. Антенны одночленистые, с конечными щетинками и антеннальным волоском или пучком волосков.
Строение ротовых придатков соответствует способу получения пищи. Среди личинок комаров имеются фильтраторы (личинки Anopheles, Culex, Mansonia), соскребыватели (личинки большинства Aedes, Theobaldia) и хищники (личинки Chaoborus, Mochlonyx). Ротовые придатки состоят из верхней губы, надглоточника, парных мандибул, парных максилл, нижней губы и подглоточника.
Грудные сегменты большинства личинок комаров слиты между собою. Брюшко обычно состоит из девяти сегментов; большой восьмой сегмент образован слившимися между собою восьмым и девятым первичными сегментами.
На верхней поверхности восьмого сегмента брюшка расположены парные стигмы, ведущие в два главных трахейных ствола. У личинок Anopheles стигмы находятся посреди стигмальной пластинки непосредственно на поверхности сегмента; у большинства остальных личинок стигмы, окруженные стигмальной пластинкой, расположены на вершине длинной, склеротизированной, темно пигментированной дыхательной трубки, иначе называемой сифоном. Большинство личинок комаров дышит атмосферным воздухом, прорывая поверхностную пленку воды несмачивающимися стигмальной пластинкой или концом сифона. У личинок Chaoborus стигмы отсутствуют, трахейная система замкнутая.