Второй круг вопросов связан с различиями временных шкал. Так, временную изменчивость климата на основе климатических данных удается проследить не более чем за последние 100-150 лет, тогда как о динамике климата в геологическом прошлом судят по косвенным данным, в том числе по динамике биоты.
В масштабе геологического времени (например, на протяжении четвертичного периода) мы располагаем прямыми данными о динамике биоты (например, палинологическими), но всего лишь косвенными - о динамике климата; наоборот, в пределах последнего столетия мы имеем прямые данные об изменчивости климата, но только в редких случаях - достоверные о динамике биоты (Ford, 1982; Hengeveld, 1985). Для установления прямых последствий воздействия климата необходимо в лучшем случае несколько столетий благодаря существованию «замедлений» (англ. lags) в реакции биоты на климатические изменения (Davis, 1986; Hengeveld, 1985).
Очевидно, организация долгосрочных экспериментов (в масштабе столетий) по изучению временной сопряженности динамики климата и биоты весьма проблематична, в том числе вследствие быстрого изменения климата. В таком случае остается единственный, на наш взгляд, выход - перевести во временную шкалу данные о пространственной изменчивости климата и биоты. Это, безусловно, сопряжено с серьезными методологическими трудностями так же как при попытках прогнозировать изменчивость растительных сообществ во времени на основе пространственных сукцессионных рядов. Сфера применения подобного рода аналогий весьма ограничена (Glantz, 1991), но все же этот способ находит достаточно широкое применение. Естественно, что анализ пространственных сопряженностей климата и биоты позволяет выявлять особенности воздействия климатических факторов не только на композицию таксонов, на параметры биоразнообразия, но и на многие структурно-функциональные компоненты сообществ и экосистем. Последнее особенно важно для палеоэкологических исследований.