Главным критерием зоогеографического районирования фауногенетического плана служат исторические региональные связи фаун, закономерности их изменений на протяжении отрезков времени, соизмеримых с темпами эволюции.
Сходство или различие современных условий и всего животного мира отходят на второй план. По этому поводу И.И. Пузанов (1938) писал, что «при установлении областей и подобластей решающим критерием должен быть не тип современного распределения биоценозов, зависящий от климатических особенностей переживаемого момента, а история фауны, т.е. принадлежность к тому или иному центру эволюции». При сравнении фаун двух регионов решающим критерием будет не количество общих широко распространенных видов, для которых в большинстве случаев чрезвычайно трудно установить район их происхождения, а наличие эндемичных форм, указывающих на степень автономности и древности данной фауны. Меньшее внимание зоогеографов к массовым транс- и полизональным формам объясняется именно проблематичностью их фауногенетических связей.
Трудности дробного фауногенетического районирования (ниже подобласти) обусловлены территориальным взаимопроникновением типологически разнородных элементов ландшафта, многократными изменениями климата и зональных границ в течение сравнительно небольшого (с точки зрения темпов эволюции) отрезка времени. В результате этих процессов происходит интенсивное перемешивание на одной территории чрезвычайно разнородных фаунистических элементов.
Большее или меньшее несовпадение основных зоогеографических подразделений с ландшафтно-зональными неизбежно и логически вполне объяснимо. В данном случае мы имеем дело с двумя принципиально различными системами хорологии, каждая из которых преследует свои цели. Зональным подразделениям должны соответствовать типы животного населения, а не фаунистические комплексы. В этом отношении фаунистические категории соотносятся с геозоологическими так же, как флористические - с подразделениями растительности. Иными словами, зональная специфика сообществ, равно как и количественные закономерности распределения видов по зонам, не тождественна с зоогеографическим районированием. Недостаточно четкое разграничение этих аспектов изучения животного мира может привести к существенным искажениям и неправильным толкованиям тех или иных фактов. Часто наблюдается смешивание или отождествление фаунистических и синэкологических категорий.