Основоположники эволюционной экологии большое внимание уделяли роли различных биоценотических факторов, в первую очередь трофических отношений, в процессах преобразования популяций, микроэволюции, адаптогенеза и видообразования.
Литература по этим аспектам эволюционного процесса огромна: классические исследования Г.Ф. Гаузе, А.Н. Формозова, Ч. Элтона и др.; многочисленные работы последних десятилетий, выполненные в русле трофоэнергетического направления, концепций конкурентного исключения и нишевой организации сообществ и др. Однако, интерпретация эволюционных аспектов, затрагиваемых этими исследованиями, пока ограничивается констатациями общего плана, в основном с позиций канонов и постулатов классического дарвинизма. Между тем очевидно, что имеется ряд специфических проблем, выходящих за рамки как собственно экологии, так и эволюционной теории в узком смысле. И их развитие может быть более успешным под рубрикой единого направления, соединяющего принципы синтетической теории эволюции и современной экологии.
К сфере эволюционной экологии следует относить и взаимосвязанные концепции экологической целостности таксонов (С. Северцов, 1951; Черных; 1986; Чернов, 1988) и эволюционного стазиса (А. Северцов, 1990). Смысл этих представлений состоит в том, что биологическое разнообразие, создаваемое в процессе эволюции, становится фактором экологической устойчивости и эволюционной стабильности видов и их филетических комплексов - таксонов разного ранга. Осмысление этого аспекта - дело будущего, оно возможно лишь при условии достаточно детальной разработки системы понятий, принципов и методов эволюционной экологии.
2. Адаптогенез (=адаптациогенез). Исследования экологических аспектов эволюционного формирования и преобразования адаптивных механизмов, структур и стратегий крайне разнообразны, но пока не объединены концептуально. Неоднократно декларировались разнообразные представления по поводу эволюционных предпосылок формирования адаптаций (Озернюк, 1992), происхождения адаптивных морфологических форм - экоморфогенеза (Алеев, 1988), развития системы приспособительных механизмов и стратегий при освоении адаптивных зон (Северцов, 1990), эволюции социальности как особо сложной формы адаптации (Захаров, 1991; 1993) и т.д. Имеются попытки анализа истории представлений о приспособительной эволюции (Георгиевский, 1989).
В большинстве случаев анализ происхождения адаптаций ограничивается рамками традиционных понятий и постулатов эволюционной теории, в частности - вопросами органической целесообразности и адаптивности эволюции, генетических основ формирования приспособительных механизмов, их наследуемости и т.д. Однако многие специфические эволюционно-экологические вопросы адаптогенеза, связанные с аут- и синэкологическими, эколого-физиологическими, палео-экологическими, эколого-морфологическими и другими аспектами, как правило, недостаточно освещаются в рамках эволюционной теории, и поэтому проблема происхождения и развития адаптаций и приспособительных форм подается в упрощенном виде.