В настоящее время нет общепринятого понимания предмета, задач и структуры эволюционной экологии.
Учитывая современное состояние экологии и теории эволюции, наиболее логично определять эволюционную экологию как научное направление, сочетающее два аспекта исследований: а) роль экологических факторов в эволюционном процессе и б) эволюцию экологических форм организации, т.е. биоценозов, сообществ, популяционных и социоэкологических структур, коадаптивных комплексов, морфоадаптивных типов и жизненных форм и т.д.
Содержание эволюционной экологии и основные ее разделы представляются в следующем виде.
1. Экологические факторы микроэволюционного процесса и видообразования. Именно данный аспект соответствует пониманию эволюционной экологии в наиболее узком смысле. В частности, он составлял основу этого направления в представлении основоположников: С.А. Северцова, Д. Лэка, С.С. Шварца. С.А. Северцов пришел к своей трактовке эволюционной экологии от изучения динамики населения, которую рассматривал как главное выражение борьбы за существование. С.С. Шварц акцентировал внимание на структуре популяций (численность, возрастной состав, пространственное распределение), считая ее изменение основным экологическим механизмом преобразования генетического состава популяций. При этом он предполагал определенный автоматизм и весьма жесткую направленность действия экологических факторов на микроэволюционный процесс. Возникновение необратимых изменений генетической структуры он считал началом микроэволюционного процесса, который завершается видообразованием.
Важнейший элемент этого раздела эволюционной экологии - изолирующие механизмы. Природа и действие изолирующих механизмов как главного звена видообразования - одна из центральных проблем эволюционной теории. Вместе с тем, их исследование представляет самостоятельный интерес, выходящий за пределы познания собственно процессов микроэволюции и видообразования. Многие вопросы занимают пограничное положение между экологией и эволюционной теорией. Ярким примером таких исследований могут служить работы Е.Н. Панова (1989 и др.) по этологическим механизмам репродуктивной изоляции у птиц.