Б.А. Быков (1973) выделяет следующие способы филоценогенеза: специогенез - постепенное превращение одного сообщества в другое вследствие эволюционного изменения населяющих его видов, в особенности доминантных; эзогенез - преобразование сообществ путем изменения роли видов (например, один доминант уступает место другому); трансгенез - результат инвазии в сообщество одних видов и выпадения других.
К эволюционному процессу непосредственное отношение имеет лишь специогенез. Изменения сообществ двумя другими способами могут совершаться и без эволюционных преобразований видов, при относительно кратковременных сукцессиях, в том числе циклических, вследствие нарушения среды обитания, расселения видов, биоценотических факторов.
В наиболее общем смысле взаимоотношения между эволюционным процессом, флоро-, фауногенезом и филоценогенезом состоят в том, что сообщества формируются из того материала (видов, адаптивных типов, слагающих флоры и фауны), который поставляет эволюция, в зависимости от конкретных физико-географических условий. Один и тот же тип биоценоза может сформироваться на базе разных флористических и фаунистических комплексов. В основе лежит формирование аналогичных жизненных форм в неродственных группах организмов, обитающих в разных регионах со сходными условиями. Эта специфичная черта сообществ особенно подчеркивалась одним из родоначальников нашей экологии Д.Н. Кашкаровым (1933, 1944), который указывал, что именно состав жизненных форм, а не видов определяет главные особенности биоценозов. В силу конвергентных эволюционных процессов и экологического викариирования животное население, растительность и биоценозы в целом с принципиально сходной структурой могут формироваться в областях с фаунами и флорами разного генезиса, но в сходных зонально-климатических условиях или в аналогичных зонах северного и южного полушарий.
Высказывалось мнение, что на ранних этапах развития органического мира качественный состав сообществ был сходным на больших пространствах Земли, чему способствовали более выровненные условия, с меньшими зональными градиентами. По мере развития биосферы происходила дифференцировка, с одной стороны, сообществ (в том числе их зональная расчлененность), а с другой -фауны и флоры (разнообразие таксонов и их региональная локализация). В связи с этим в процессе эволюции органического мира усиливались расхождения между флоро- и фауногенетическими и ландшафтно-зональными категориями (Сочава, 1972; Чернов, 1975).