Для правильного проведения аутэкологических исследований важно, чтобы они осуществлялись в рамках каждой из частных экологических дисциплин (экологии растений, экологии животных, экологии микроорганизмов).
Они должны сохранять тесную связь с ботаникой и с экологической физиологией растений, с зоологией и экологической физиологией животных, с микробиологией. Соответственно этому аутэкологические работы должны вестись не только в учреждениях экологического профиля, но и во многих других биологических организациях - зоологических, ботанических и т.д. Для их расширения и дальнейшего развития необходимо: создание условий для успешной работы по уже ведущимся аутэкологическим темам; включение в план новых тем по актуальным вопросам аутэкологии, соответствующих профилю учреждений; организация лабораторий по аутэкологической тематике. Координацию и руководство аутэкологическими работами должны осуществлять соответствующие специализированные научные советы (например, по растительному миру, по животному миру и др.).
Специальный раздел аутэкологии - популяционная экология, в задачу которой входит изучение структуры и динамики популяций отдельных видов. Часто популяционную экологию считают самостоятельным разделом экологии (наряду с аутэкологией и синэкологией). С развитием популяционной экологии связано решение таких проблем, как механизмы регуляции численности, оптимальная плотность и допустимые нормы изъятия из популяций используемых видов, например, объектов промысла, уничтожение популяций видов или их части при борьбе с вредителями и т.п. Это направление экологии весьма перспективно, так как решает целый ряд важнейших не только теоретических, но и практических задач.
Основные цели экологии в области биоценологии (биогеоценологии) могут быть достигнуты только путем организации комплексных работ, охватывающих разные компоненты экосистемы. Эти исследования следует проводить по единому плану силами биологов разных специальностей (ботаниками, зоологами, физиологами растений и животных эколого-физиологического направления, микробиологами и др.) с участием почвоведов, гидрологов, климатологов, географов, агрономов, экономистов и других специалистов под общим руководством квалифицированных биоценологов.