Не обсуждая в рамках данной статьи вопрос о структуре современной зоогеографии и биогеографии в целом, отмечу лишь свое отрицательное отношение к широко распространившейся у нас тенденции к смешиванию экологии и биогеографии, в частности к подмене зоогеографии ландшафтно-зональными аспектами изучения населения животных, сообществ, т.е. вопросами, которые входят в качестве составных частей в современную экологию в ее общепринятом понимании во всем мире.
Эту тенденцию демонстрируют, например, сборники «Современные проблемы зоогеографии» (1980), «Теоретические и прикладные вопросы биогеографии» (1982) и учебное пособие П.П. Второва и Н.Н. Дроздова «Биогеография» (1978), в котором подавляющая часть текста посвящена обсуждению чисто синэкологических вопросов (принципы анализа структуры и типологии экосистем и описание сообществ природных зон), и почти полностью отсутствует весь тот материал, который составляет основу курсов зоогеографии, географии растений в их классическом смысле (типология ареалов, факторы их формирования и динамики, генезис флоры и фауны, роль изоляции, эндемизм, реликтовость, викариат, классификация биогеографических границ, расселение и распространение, вымирания и т.д.).
Примером подмены биогеографии экологией, смешивания биогеографических и экологических категорий могут служить взгляды С. И. Левушкина, считающего, что задача биогеографии - «не характеристика территорий и акваторий по фауне и флоре, а выяснение отношений между множествами организмов - фаунами и флорами, признаком которых служит обитание на определенной территории» (Левушкин, 1982). Биогеография, по мнению С. И. Левушкина, ориентирована «на изучение определенного типа межорганизменных отношений,... структуры живого тела, т.е. носителя жизни, однако в качестве такого носителя рассматривается не организм (биологический элемент), а биострома (биологическая система)».