Принципиально различны процессы исторического развития этих природных явлений. Флоро- и фауногенез непосредственно обусловлены эволюционными процессами (видообразование, вытеснение одних видов и групп другими, миграции, вымирание и т.д.).
Они определенным образом локализованы географически, что отражается в флористическом и фаунистическом районировании. Для обозначения процессов исторического развития сообществ, в частности растительности, В. Н. Сукачев (1952) предлагал ряд специальных понятий, из которых наиболее общие - филоценогенез, фитоценогенез. Он неоднократно подчеркивал, что развитие растительности и преобразование флоры «несмотря на наличие известной связи между ними, - процессы совершенно различные, подчиняющиеся своим особым закономерностям».
В этом плане очень важна проблема сопряженности развития флоры и растительности. Многие авторы постулируют синхронность или даже тождество процессов флорогенеза и фитоценогенеза, что, в частности, проявляется в нивелировании различий категорий соответствующих систем районирования. Конечно, сопряженность развития флоры и растительности в принципе возможна, и есть много примеров такого рода. Так, А. И. Толмачев (1974) приводил примеры совпадения единиц флористического и геоботанического районирования (например, Маньчжурской флористической провинции и территории с господством дальневосточных хвойно-широколиственных лесов). Вместе с тем он отмечал: «Наличие подобных соотношений не должно, однако, заслонять собой специфики процессов флорогенеза, их отличий от процессов развития растительности...».
Все это в полной мере применимо и к зоологической сфере. Рассмотрение фауны с исторических позиций, как непосредственного продукта эволюционных процессов, и отграничение этого аспекта от географии животного населения, сообществ - краеугольный камень классической зоогеографии.