Сплошные рубки приводят к снижению естественной мозаичности лесных экосистем. В природных лесах древесный ярус очень неоднороден по своей структуре: здесь всегда есть участки разной сомкнутости и состава, всегда присутствуют окна.
В результате, условия под пологом таких лесов очень неоднородны, что позволяет найти оптимальные для жизни условия многим лесным видам растений и животных. При сплошной рубке и формировании на вырубке молодого леса эта неоднородность в значительной степени сглаживается. Молодой одновозрастный древостой (естественного или искусственного происхождения) обычно обладает простой структурой.
Лишь через много десятилетий, обычно в возрасте, превышающем так называемую “хозяйственную спелость” (а это расчетный возраст рубки вновь формирующегося на лесосеке древостоя), естественная мозаика древостоя начинает постепенно восстанавливаться, но часть видов при этом не выживает, что приводит к сокращению биоразнообразия.
Еще одна важная особенность сплошных рубок - исчезновение некоторых важных субстратов, необходимых для жизни многих видов растений и животных. Например, в молодых лесах, сформировавшихся после сплошных рубок, долгое время не образуется крупный валеж (нет крупных деревьев), а он совершенно необходим для жизни многих видов дереворазрушающих грибов, насекомых и др. Во многих типах леса он совершенно необходим и для естественного возобновления деревьев.
Так, под пологом крупнотравных ельников Урала более 90% жизнеспособного подроста ели появляется именно на крупном валеже. В молодых лесах отсутствуют и ВПК - комплексы микроместообитаний, необходимых для роста и развития многих видов. И, наконец, нельзя оставить без внимания проблемы, связанные с повреждением или распадом стен леса вдоль границ сплошных вырубок. Здесь деревья повреждаются уже в первые годы в результате воздействия ветров и изменения влажности и освещения. Ослабленные деревья часто гибнут в результате вспышек численности насекомых-фитофагов или просто вываливания ветром.