Главные недостатки крупномасштабных сплошных рубок состоят в том, что при таких рубках в наибольшей степени преобразуется лесная среда (здесь и далее под крупномасштабными сплошными рубками понимаются рубки с шириной лесосеки более 100-150 метров и площадью в несколько десятков гектаров), резко изменяется режим температуры и влажности, условия освещенности. Большинство природных видов, обитавших под пологом леса, страдает при сплошных рубках не столько от непосредственного повреждения, сколько от изменений условий среды.
Изменение суточных колебаний температуры и влажности приводит не только к потере биоразнообразия, но и к вполне очевидным проблемам с точки зрения лесоводства: сохранившийся подрост или вновь высаженные молодые деревья некоторых видов (в первую очередь ели) сильно страдают как от поздних заморозков, так и от летнего иссушения почвы. При поздних заморозках температура приземного слоя воздуха (до высоты 1,5-2,0 метра) может быть ночью на 2-3° ниже, чем под пологом даже разреженного выборочной рубкой древостоя.
Повреждение молодых побегов ели ночным заморозком особенно усиливается, если обмороженные побеги днем подвергаются воздействию прямого солнечного света (Langvall, Orlander, 2001), а именно это и происходит на сплошных вырубках. Для большинства таежных регионов совершенно обычно повреждение молодых побегов ели на сплошных вырубках поздними весенними заморозками (в некоторых районах такие повреждения случаются ежегодно, пока молодые деревца ели не окажутся прикрытыми молодняком березы или осины), а это уже прямой экономический ущерб лесному хозяйству.
Суточная динамика температуры и влажности приземного слоя воздуха под пологом (сплошная линия) и на вырубке (пунктирная линия) южнотаежного ельника хвощевого, при облачной погоде без дождей (по Зубаревой, 1967).