Характер отмирания корней деревьев и заполнения корневых ходов зависит также от характера нарушений, предшествующих смерти дерева. Некоторые варианты формирования ризотектоники рассмотрены ниже (по Пономаренко, 1999, с дополнениями).
Для процессов естественного отмирания корней характерен отток пластических веществ из корней в побеговую систему. При этом корень уменьшается в объеме постепенно и более или менее равномерно по объему. Заполнение корневого хода материалом почвы имеет менее четкие границы, чем первоначальные очертания корня, как следствие деформирования стенок при раскачивании дерева ветром. В связных почвах заполнение хода идет преимущественно за счет постепенного отсыпания и переноса почвенной фауной частиц сверху, что в итоге приводит к формированию спиралевидной на горизонтальном срезе мезоструктуры. Материал, из которого слагаются новообразованные морфоны по корневым ходам, обычно соответствует материалу верхнего горизонта почвы. В сыпучих почвах ход заполняется также материалом из примыкающих участков вмещающего субстрата; заполненные ходы видны как разрыхления неправильной формы с нечеткими контурами, выполненные относительно однотипным по составу материалом.
В результате рубки или бурелома в почве остается корень, непосредственно соединенный с поверхностью. Внутренние ткани корня представляют собой более ценный питательный субстрат, чем кора, для целого ряда организмов, которые начинают перерабатывать свежие органические остатки в те или иные формы органических копролитов. Длительность этой переработки определяется характером разлагаемой древесины. Конечные продукты переработки имеют значительно меньший объем, чем объем сырых тканей, и к моменту освобождения пространства внутри корневой оболочки сама она на большом протяжении сохраняется. Поэтому освобождающееся пространство достаточно четко ограничено, отделено от вмещающего субстрата и может быть заполнено исключительно материалом сверху.
Четкость ограничения корневого морфона напрямую зависит от соотношения между скоростями переработки внутренних тканей и оболочки. Так, например, у березы корневая оболочка очень плотная и медленно разлагающаяся, древесина же мягкая, с высокой исходной влажностью, перерабатывается очень быстро. В результате уже через несколько лет после рубки в почве образуется надежно изолированный корневым чехлом канал, заполненный органическими копролитами не более чем на 40%. Подобным образом происходит формирование корневых морфонов у липы, осины, лещины.
Строение корневой системы дуба черешчатого в возрасте 50 лет (по Raimbault, 1991)