Деятельность животных может играть как прямую, так и косвенную роль в формировании структуры почвенного покрова. Многие группы животных оказывают опосредованное влияние на структуру и состав почв через воздействие на другие компоненты биогеоценоза, влияние на биологический круговорот (Злотин, Ходашева, 1974).
Так, листогрызущие насекомые, саранчовые, растительноядные млекопитающие и другие фитофаги воздействуют на интенсивность процессов гумификации и минерализации, перерабатывая до 60-70% фитомассы и возвращая в круговорот продукты метаболизма и экскременты (Злотин, Ходашева, 1974; Абатуров, 1983). Деятельность бобров по строительству плотин ведет к подтоплению почв и развитию оглеения, распространяющегося на расстояние 25-30 м от бобровых прудов (Щербакова, Завьялов, 1995).
Прямые механические воздействия на почву связаны, прежде всего, с локомоторной деятельностью животных. Как в пастбищных, так и во многих детритных экосистемах велика роль вытаптывания почв, при этом наиболее существенны воздействия, связанные с выпасом диких и домашних копытных (Абатуров, 1976; Vera, 2000). При умеренном выпасе происходит перемешивание подстилки и верхнего горизонта почвы, улучшающее гидрологический режим и аэрацию почвы, ускоряющее разложение органических остатков (Абатуров, 1976). Интенсивный выпас ведет к уплотнению верхних горизонтов почвы, развитию поверхностного оглеения; инициирует процессы поверхностного перемыва и эрозии.
Важнейшее значение для преобразования почвенного покрова имеет роющая деятельность животных. Роющая деятельность распространена почти повсеместно, максимально ее разнообразие в степях и пустынях, где рытье нор служит для большинства животных единственным способом укрытия от врагов и неблагоприятных климатических воздействий. Роющая деятельность осуществляется здесь сусликами, сурками, полевками, слепышами, муравьями, мокрицами и многими другими животными. Исследованию особенностей средопреобразующей деятельности этих животных посвящено большое число работ (см. Абатуров, 1976).