Недостаточная продолжительность отдыха для восстановления плодородия и структуры почвы - одна из проблем подсечной системы земледелия.
Перечислить все особенности трансформации живого покрова, связанные с подсечно-огневой системой, сложно, ибо подсечное земледелие не было только сельскохозяйственной практикой. Оно было системой природопользования, включавшей собственно земледелие, рубки, палы, а во многих районах также выпас и сенокошение. Воздействие подсечно-огневой системы приводило к обнажению почвы, увеличению поверхностного стока и эрозии почв, выравниванию микрорельефа, обеднению почвенной фауны (прежде всего, мезофауны). При этом исключалась возможность образования ветровально-почвенных комплексов; накопления органики от внутрипочвенного переходило к напочвенному, увеличивалась опасность пожаров (Осипов, Гаврилова, 1983; Милов, 1998).
Хотя площадь обрабатываемых участков была сравнительно невелика, а длительность цикла - большой, за сотни и тысячи лет огромные территории были глубоко преобразованы подсекой. Не имея количественных оценок по охвату территорий подсечным земледелием для средневековья, мы можем привести пример современной Финляндии, где за XVIII-XIX вв. (то есть за 200 лет) через подсеку прошло 85% территории (Куусела, 1991).
На юге и в центре лесной зоны последствия подсечной системы особенно быстро отразились на территориях с легкими почвообразующими породами (в частности, на территориях полесий). На массивах песчаных почв были сформированы специфические пирогенные леса с господством сосны обыкновенной (Сейбутис, 1982). На севере развитие подсечно-огневого земледелия, сопряженного с массовым выжиганием лесов, привело к отступлению на юг северных границ ареалов широколиственных видов (ильма, липы, дуба и др.) и, в результате, к формированию тайги. В это же время развитие домашнего оленеводства, сопровождаемое усиленным выжиганием лесов на их северной границе, привело к развитию зоны тундр из лесотундры или северной тайги, достигавших, судя по находкам крупных деревьев или их пней, берегов СЛО еще в XVIII-XIX вв. (Городков, 1954), а на Ямале - в XIX веке (Калякин, 1985, 1991). На севере лесного пояса антропогенные факторы и изменения климата, действовали однонаправлено, приводили к разрушению лесного пояса и способствовали продвижению на юг северотаежных видов и их комплексов. Этот процесс можно условно назвать «бореализацией» лесного пояса.