Для плеурогенид характерно наличие развитой бурсы, содержащей четко выраженные: извитой семенной пузырек, простатическую часть и семяизвергательный канал.
Циррус, представляющий собой паренхиматозное образование, иногда покрытое мелкими шипиками (Phaneropsolus), не всегда указывается исследователями. Бурса более мускулистая у плеурогенид, паразитирующих у амфибий (Pleurogenes, Pleurogenoides, Prosotocus, Mehraorchis, Sonsinotrema и др.) и птиц (Lecithodollfusia, Mosesia). У плеурогенид, паразитирующих у млекопитающих (Parabascus, Limatulum, Glyptoporus и др.), стенки бурсы менее мускулистые.
Исключением здесь являются представители Phaneropsolus (паразитирующие у рептилий, птиц и млекопитающих), у которых бурса и все ее компоненты выражены очень четко. Следует заметить, что размеры, форма, протяженность и расположение бурсы подвержены большой изменчивости. Для большинства родов Рleurogenidae указывается наличие маленького полового атриума, который иногда представляет собой небольшое углубление (Parabascus), иногда может быть шиповатым (Loxogenes), однако для некоторых родов (Sonsinotrema, Glyptoporus, Limatulum и др.) наличие или отсутствие атриума не выяснено.
Половое отверстие расположено маргинально и субмаргинально (вентрально, реже дорзально) на стороне, противоположной яичнику у представителей подсемейства Pleurogeninae и медианно или субмедианно, вентрально у Parabascinae. При этом для представителей большинства плеурогенид характерно преацетабулярное положение отверстия, реже — на уровне брюшной присоски или позади нее (Brandesia, Lecithodollfusia, Parabascus, Limatulum и др.). Половая система у плеурогенид эволюционировала, вероятно, по пути приближения семенников к бурсе и соответственного укорачивания семявыносящих протоков, по пути постепенного перехода от сильномускулистой бурсы к слабомускулистой, по пути смещения положения половой поры от латерального на субмедианное или медианное.