Строение нервной системы известно лишь для Pleurogenes claviger и Prosotocus confusus, причем у обоих видов оно почти идентично.
Описание строения нервной системы приводится по Лооссу (Looss, 1894). Продольные вентральные нервы подходят довольно близко к выделительной поре, объединяются здесь и дают по обе стороны маленькие боковые отростки, проходящие вперед по периферии от поры. Здесь, по всей вероятности, они объединяются с отростками латеральных нервов и образуют вокруг выделительной поры нервное кольцо.
Дорзальные продольные нервы соединяются на некотором расстоянии от заднего конца тела и образуют медианный непарный нервный тяж, идущий к выделительной поре и соединяющийся с нервным кольцом. Между продольными и латеральными нервами имеется хорошо развитая система соединительных комиссур. Всего нервных кольцевых комиссур Лоосс отмечает семь, причем от третьей идут дорзально и вентрально несколько слабых отростков, подходящих к брюшной присоске. В отличие от Pleurogenes claviger у Prosotocus confusus Лоосс отмечает (в той же работе) пять кольцевых комиссур, из которых третья и четвертая дают ветви к брюшной присоске, и отсутствие непарного дорзального нерва, выходящего из соединения продольных спинных нервов.
Мужская половая система. Семенники средних размеров, чаще округлые или овальные, реже неправильной формы или лопастные (Mosesia mosesi, Langeronia provitellaria, Pleurolobatus lobatus и др.). Наиболее характерно положение семенников позади брюшной присоски или, частично или полностью, на уровне ее. У Pleurogenes claviger и P. cystolobatus семенники лежат вблизи заднего конца тела, а у Prosotocus confusus — у его переднего конца, причем в обоих случаях они удалены на значительное расстояние от базального конца бурсы. Такое их положение является, вероятно, примитивным.
По мере появления плеурогенид у более совершенных в эволюционном понимании хозяев (птиц, млекопитающих) можно наблюдать, как семенники располагаются ближе к базальной части бурсы, что ведет к укорачиванию семявыносящих протоков. У родов Prosotocus, Mehraorchis, Brandesia и некоторых других семенники лежат впереди от брюшной присоски. По отношению к яичнику семенники чаще расположены каудально, реже (Prosotocus, Mehraorchis, Brandesia) — впереди яичника; род Phaneropsolus занимает промежуточное положение. По отношению один к другому семенники могут находиться на одном уровне или несколько косо. Отходящие от них семе-выносящие протоки, сливаясь, образуют короткий семяпровод, впадающий в семенной пузырек.