Ряд фолликулов располагается вдоль медианной стороны каждого кишечного ствола в промежутке от заднего семенника до конца стволов. Однако желточники обеих сторон нигде не сливаются и не проходят внутрь к медианной линии, как это имеет место у Crepidostomum laureatum.
Экскреторный пузырь представляет собой вытянутый бутылкообразный мешок, лежащий близко к дорзальной поверхности и открывающийся наружу через узкую шейку несколько дорзально. Форма пузыря изменяется при движении паразита главным образом благодаря давлению соседних органов, в частности семенников. Пузырь проходит кпереди по меньшей мере до переднего края переднего семенника, а часто и до заднего края яичника. Вдоль каждой стороны тела, близко к его латеральному краю, проходит спереди и сзади по экскреторному каналу, которые встречаются недалеко от брюшной присоски и соединяются в общий сильно скрученный канал. Последний направляется кзади и опорожняет свое содержимое в передний конец экскреторного пузыря.
По обе стороны фаринкса расположена пара пигментных глазков. Они заметны не только у молодых, но и у зрелых экземпляров. Эти глазки состоят из групп небольших темно-коричневых пигментных зерен, которые обычно под микроскопом выглядят черными. Иногда эти пигментные зерна собраны в компактную группу, образуя ясно видимый сферический глазок; в других случаях они более или менее рассеяны, образуя расплывчатую гроздь. Многие экземпляры имеют один глазок рассеянный, а другой плотный.
Хопкинс в своей работе указывает, что инцистированные метацеркарии Crepidostomum isostomum были обнаружены в личинках «майской мухи», а незрелые церкарии со стилетом и глазками, по-видимому тоже принадлежащие к C. isostomum, были найдены у моллюсков рода Sphaerium sp.