Экскреторный пузырь V-образный, у живого червя содержит овальные экскреторные гранулы. Экскреторная система типа «Mesostoma», формула протонефридиальных клеток; 2[(2+2)+(2+2)] = 16.
Семенники лежат симметрично позади брюшной присоски в задней половине тела, оба с вентральной стороны прикрыты желточниками.
Левый семявыносящий канал длиннее правого, семяпровод очень короткий. Семенной пузырек овальный, лежит между бифуркацией кишечника и брюшной присоской, сужается в короткий семяизвергательный канал, в него впадают простатические железы. Семяизвергательный канал пронизывает половую папиллу гонотиля, на конце папиллы лежит мужское половое отверстие. Мужское и женское половые отверстия открываются отдельно, оба— в генитальную полость, где найдены сперматозоиды.
У основания генитальной полости находится половое отверстие. Гонотиль — орган, помещающийся в генитальной полости, состоит из двух частей: проксимальной неподвижной — полового мешка — и дистальной подвижной—половой папиллы. Размер папиллы 0,093x0,038 мм, мешка 0,079x0,061 мм. Папилла может высовываться через половое отверстие; из-за подвижности папиллы гонотиль имеет разную форму, но у фиксированных экземпляров вытянут, полукруглой формы. Функция гонотиля при оплодотворении, вероятно, вспомогательная.
Яичник округлый, расположен на уровне брюшной присоски с правой стороны тела. С постеро-медианной стороны яичника начинается яйцевод, впадающий в оотип с ресничками. Оотип окружен железами Мелиса. Лауреров канал открывается на дорзальной стороне. Желточный проток открывается в оотип. Желточники лежат по бока тела, прикрывая семенники. Матка открывается в генитальную полость узким метратермом слева. Яйца прогенетического метацеркария этого вида различной формы, типичные желтовато-коричневого цвета, снабжены крышечкой.
Яйца овальные 0,017—0,020x0,009—0,012 мм. Объем яиц прогенетической метацеркарий варьирует в зависимости от стадии развития и степени зрелости метацеркарий. Прогенетическая метацеркария имеет только несколько обычно незрелых яиц.
У метацеркарий М. minus процесса откладки яиц не наблюдалось, в полости цисты яйца не были найдены, но изредка встречались в метратерме метацеркарий.
Microphallus minus Ochi, 1928 (по Иэ и By, 1951)
a — циста с метацеркарией; б — метацеркария; в — кутикулярный шипик