Семенники лежат по бокам тела,почти на уровне брюшной присоски, овальные, их поперечная ось 0,050—0,065 мм длины, продольная 0,03—0,04 мм.
Семенной пузырек больше семенников, расположен медиально или слегка слева, сразу за развилкой кишечника. От семенного пузырька идет семяизвергательный канал, загибающийся назад к срединной линии и вентрально; его терминальная часть пронизывает мужскую папиллу, лежащую в генитальной полости, расположенной вблизи левого края брюшной присоски. Дистальная часть семенного пузырька и семяизвергательного канала окружена железистыми клетками. Мужская папилла очень маленькая, ее диаметр 0,006—0,0075 мм, а длина 0,012—0,014 мм.
Яичник овальный, треугольный, лежит между правой ветвью кишечника, семенным пузырьком, семенником и брюшной присоской. Яйцевод отходит от постеро-медиального края яичника и загибается назад и вентрально, затем идет небольшое расширение, в котором находятся спермии, а от него отходит лауреров канал, открывающийся на дорзальной стороне, позади уровня брюшной присоски. После выхода лаурерова канала яйцевод поворачивает дорзально и вперед, принимает желточный проток и расширяется в оотип. Железа Мелиса состоит только из нескольких клеток.
Желточники большие, лопастные, лежат с каждой стороны тела между семенниками и задним краем тела. Желточные протоки идут с двух сторон вперед и к срединной линии тела, соединяются в общий проток, открывающийся в яйцевод. Петли матки занимают заднюю часть тела, справа и слева они могут доходить до ветвей кишечника. Яйца в цачальном отделе матки бесцветные, с левой стороны тела желто-коричневые. Открывается матка в генитальную полость. Яйца овальные, с крышечкой, 0,016—0,020 X 0,009—0,011 мм, имеют бугорок на антиоперкулярном конце. В зрелых яйцах заметен ресничный мирацидий.
Сведения по биологии М. limuli Stunkard, 1951
Цисты с метацеркариями М. limuli обнаружены у мечехвостов (Limulus polyphemus). Они овальные, бесцветные, 0,16—0,20 мм длиныиО,12—0,18мм ширины, стенка цисты 0,009—0,011 мм толщины, вероятно выделяется цистогенными железами. Снаружи эта оболочка покрыта тонкой бесцветной фиброзной капсулой, которая, скорее всего, продуцируется хозяином. Метацеркария, извлеченная из цисты, 0,24—0,40 мм длины и 0,10— 0,20 мм ширины, у нее полностью сформированы семенники, яичник и желточники; семенники и семенной пузырек содержат подвижных сперматозоидов. Формула протонефридиальных клеток: 2 [(2 + 2) + (2+2)] характерна и для других представителей семейства Microphallidae. Кутикула покрыта шипиками, которые становятся меньше к заднему концу тела и исчезают на уровне брюшной присоски.