Широко распространенным видом является Microphallus claviformis, он обнаружен на побережье Северного моря (Англия), пролива Па-де-Кале (Франция), на побережье Балтийского моря (Германия и Швеция); в СССР данный вид встречен на побережьях Баренцова, Белого, Балтийского, Черного и Японского морей.
Также широко распространены виды Maritrema subdolum и Levinseniella propinqua.
Вид Microphallus papillorobustus был впервые найден у куликов Атлантического побережья Америки, а позднее — во Франции (пролив Па-де-Кале) и в СССР (на побережьях Белого, Балтийского и Черного морей). Интересно,что ареал этого вида ограничен с севера Белым морем. Факторы, препятствующие распространению М. papillorobustus на север, нам не известны; дефинитивные хозяева М. papillorobustus — кулики и чайки — гнездятся на побережье Баренцова моря; дополнительный хозяин — Gammarus locusta — там тоже имеется.
Промежуточный хозяин М. papillorobustus до настоящего времени не известен; возможно, что он отсутствует на Баренцовом море, так что выпадает необходимое звено в цикле развития данного вида; поэтому М. papillorobustus не встречается на Восточном Мурмане. В указанном районе проводилось детальное изучение паразитофауны моллюсков (Чубрик, 1957), ракообразных (Успенская 1955, 1960) и птиц (Белопольская 1952а, 1953а, 1959), но вид М. papillorobustus обнаружен не был.
В настоящее время фауна микрофаллид все время пополняется вновь описанными видами, а известные виды встречаются в новых местах, поэтому трудно говорить о зоогеографическом распространении видов данного семейства. Имеются более полные сведения относительно распространения видов, связанных с морем, а потому проведем распределение микрофаллид по морским зоогеографическим областям. Политипическиа роды: Microphallus, Levinseniella и Maritrema распространены широко и встречаются в Арктической, Бореальной и Тропической областях.
Наибольшее количество родов и видов представлено в Бореальной области. Если сравнить фауну микрофаллид Атлантической и Тихоокеанской подобластей, то, как мы указывали, наибольшего разнообразия достигает фауна Тихоокеанской подобласти, где распространены 11 родов микрофаллид, из которых пять эндемичны для данной подобласти.