В СССР обнаружены 40 видов микрофаллид, относящихся к 11 родам; из них 20 видов распространены только в пределах нашей страны.
До настоящего времени в Советском Союзе микрофаллиды обнаружены лишь на побережьях морей и не встречены в районах, удаленных от моря. Исключением является метацеркария Maritrema sp., найденная у речного рака. Единичные находки микрофаллид обнаружены в устье Волги; Levinseniella sp. (Дубинины, 1940), Maritrema subdolum (Гинецинская, 1949), но они являются приносными формами и найдены вскоре после прилета птиц. Вероятно, также приносными являются виды Levinseniella propinqua и Pseudomaritrema posterolecithale из Якутии (Мамаев, 1959).
Ряд видов микрофаллид обнаружен у птиц в период весеннего перелета или же вскоре после прилета птиц с мест зимовок. Такими видами в Приморье являются Endocotyle incana, Pseudomaritrema posterolecithale, Numeniotrema musculosa; они, по-видимому, не проходят цикла развития в пределах СССР, а приносятся с зимовок.
В Японии и Китае несколько видов микрофаллид развиваются с участием пресноводных креветок; так идет развитие Microphallus minus, Maritrema kitanensis, Maritreminoides mapensis и другие. Эти виды встречаются в районах, удаленных от моря.
В Америке многие виды обнаружены на побережье морей, но, кроме того, имеются типичные пресноводные виды, развитие которых идет через пресноводных беспозвоночных, Например: Levinseniella amnicolae, Maritrema obstipum и др.
Большинство видов микрофаллид имеют ограниченные ареалы, пока они найдены в каком-либо одном пункте. Меньшая часть видов распространена более широко.
На побережьях морей Атлантического бассейна отмечены представители семи родов микрофаллид: Microphallus, Levinseniella, Atriotvema, Maritrema, Gynaecotyla, Pseudo spelotrema и Diacetabulum. На берегах морей Тихоокеанского бассейна встречены представители 13 родов: Microphallus, Levinseniella, Spiculotrema, Endocotyle, Maritrema, Pseudomaritrema, Microphalloides, Pseudospelotrema, Maritreminoides, Pseudolevinseniella, Numeniotrema, Gynaecotyla и Diacetabulum. Эндемичным родом в Атлантическом бассейне является род Atriotrema, а в Тихоокеанском бассейне роды: Spiculotrema, Endocotyle, Рseudomaritrema, Microphalloides, Pseudolevin seniella, Numeniotrema и Maritreminoides.