Представители семейства Microphallidae широко распространены на земном шаре и встречаются на всех материках.
Наличие в Австралии и Африке только единичных видов микрофаллид, по-видимому, объясняется недостаточной изученностью паразитофауны этих материков. В дальнейшем там можно ожидать новые находки микрофаллид.
Наиболее богато микрофаллиды представлены в Азии, где встречаются 42 вида, относящиеся к 13 родам.
В Европе и Америке распространено примерно одинаковое количество видов микрофаллид.
Характерная черта в распространении многих видов микрофаллид — приуроченность их к морским побережьям. Можно выделить определенные очаги распространения микрофаллид, которые ограничиваются Атлантическим и Тихоокеанским бассейнами.
Так как развитие микрофаллид идет при участии водных беспозвоночных, то понятно, что хозяева их должны быть связаны с водоемами. Большинство из известных циклов развития микрофаллид протекает с участием морских беспозвоночных или беспозвоночных эстуарных вод.
Мы считаем трематод семейства Microphallidae издревле морскими паразитами, которые в дальнейшем уже начали распространяться в эстуарные и пресные водоемы. Расселению микрофаллид, несомненно, способствовало то, что их хозяева, в основном перелетные птицы, совершая весенне-осенние миграции, могли рассеивать яйца микрофаллид на значительном пространстве. Если в каком-либо пункте существовали подходящие промежуточные хозяева, в которых могли развиться партениты микрофаллид, то вид завоевывал новые ареалы.
Политипические роды — Microphallus, Levinseniella и Maritrema имеют более широкое распространение, чем монотипические роды — Spiculotrema, Endocotyle и др.