Род Diacetabulum приобретает ряд изменений в строении копулятивного органа и, кроме того, имеет две брюшные присоски.
Большинство родов микрофаллид характеризуется расположением полового отверстия слева от брюшной лрисоски, и лишь у родов Microphalloides, Odhneria и Gynaecotyla половое отверстие лежит справа.
Род Microphalloides, обладающий развитым циррусом, должен занять положение в основе системы, но не может быть помещен на главную линию развития из-за иного положения полового отверстия. У родов, имеющих половое отверстие справа, также можно отметить редукцию цирруса и замену его папиллой: роды Microphalloides, Odhneria и Gynaecotyla.
Род Odhneria снабжен папиллой, но генитальная полость его не развита;
у рода Gynaecotyla генитальная полость сильно развита, копулятив-ный орган модифицирован, и имеются две брюшные присоски.
В пределах подсемейства Maritrematinae происходит замена выворачивающегося цирруса папиллой, которая может становиться сильно мускулистой.
Направление развития, характеризующееся утратой сумки цирруса, приводит к возникновению форм, объединяемых в подсемейство Microphallinae. Центральное положение среди родов этого семейства занимает род Microphallus, у которого копулятивный орган — сильно мускулистая папилла, находящаяся в тонкостенной генитальной полости и целиком заполняющая ее. Форма и строение папиллы в пределах рода Microphallus претерпевает изменения , она может иметь сильно развитые мускульные волокна, расположенные радиально, и тогда выглядит как присоска; такое строение имеют большинство видов рода Microphallus: М. claviformes, М. pygmaeus, М. excellens и др.
Схема филогенетических отношений внутри семейства Microphallidae Travassos, 1920 (по Кейбл и Кане, 1951)