К настоящему времени состав семейства Microphallidae пополнился рядом новых родов, которые не были приняты в расчет Кейблом и Кансом. Поэтому родственные отношения внутри семейства Microphallidae нам кажутся несколько иными.
Подсемейство Maritrematinae Lai, 1939 объединяет 10 родов: Maritrema Nicoll, 1907; Maritreminoides Rankin, 1939; Microphalloides Yoschida, 1938; Numeniotrema Belopolskaia, 1952; Pseudolevinseniella Tsai, 1955; Pseudospelotrema Yamaguti, 1939; Pseudomaritrema Belopolskaia, 1952; Odhneria Travassos, 1921; Gynaecotyla Yamaguti, 1939; Diacetabulum Belopolskia, 1952, а подсемейство Microphallinae Ward, 1901 включает 5 родов: Microphallus Ward, 1901; Levinseniella Stiles et Hassal, 1901; Spiculotrema Belopolskaia, 1949; Endocotyle Belopolskaia, 1952; Atriotrema Belopolskaia, 1959.
Исходными формами Кейбл и Кане считают роды Microphalloides и Р seudo spelotrema, но эти два рода должны занимать различное положение в системе, так как у Р seudo spelotrema половое отверстие расположено слева, а у Microphalloides — справа.
В основу системы мы помещаем роды Pseudomaritrema и Рseudospelotrema, которые обладают сумкой цирруса и выворачивающимся циррусом, половое отверстие у них располагается слева. Аналогичное строение цирруса имеет род Maritreminoides.
В дальнейшем в пределах подсемейства Maritrematinae происходят изменения в характере строения копулятивного органа, но сохраняется сумка цирруса. У рода Maritrema копулятивный орган в виде короткой или длинной папиллы. От рода Maritrema происходят некоторые роды подсемейства Maritrematinae, а также роды подсемейства Microphallinae. Одно направление от рода Maritrema идет по линии уменьшения размера папиллы к роду Numeniotrema. Другая линия развития, идущая к роду Pseudo levinseniella, наоборот, характеризуется развитием очень большой мускулистой папиллы и обширной генитальной полости.