Род Microphallus рассматривается как более высоко организованный, так как обладает более развитой папиллой и утрачивает сумку цирруса.
От рода Microphallus идут несколько направлений: одно из них — к роду Levinseniella, у которого мужская папилла очень маленькая, но генитальная полость сложно устроена; другое направление — к роду Carneophallus, имеющему дольчатую папиллу и тонкие стенки генитальной полости; третье направление идет к роду Spelophallus, характеризующемуся иным местом впадения вагины — ближе к половому отверстию.
Положение рода Gynaecotyla точно не определено. Наличие сумки цирруса и папиллы делает этот род близким Maritrema, но половое отверстие расположено не на левой, а на правой стороне. Кейбл и Кане предполагают, что род Gynaecotyla происходит по другой филогенетической линии. Схема филогенетических взаимоотношений показана на рисунке.
К роду Рseudospelotrema Кейбл и Кане сводят род Maritreminoides, виды которого имеют матку, идущую до уровня пищевода.
В результате проведенного исследования Кейбл и Кане (1951) считают, что копулятивный комплекс у микрофаллид очень пластичен и в процессе эволюции изменяет свое строение в самых различных направлениях. В результате изменений происходит редукция цирруса и сумки цирруса. Виды, утратившие эти органы, являются более высоко организованными. Учитывая родственные отношения внутри семейства Microphallidae, Кейбл и Кане признают существование семейства Microphallidae и возражают против выделения Бэром (1943) семейства Maritrematidae Baer, 1943.
Рассматривая филогенетические отношения внутри семейства Microphallidae, мы соглашаемся с основными положениями Кейбла и Канса относительно того, что эволюция данного семейства совершалась в направлении утраты сумки цирруса, копулятивного органа типа цирруса и замены его папиллой с параллельным развитием генитальной полости.