Цикл развития микрофаллид протекает с чередованием поколений и сменой хозяев.
Для микрофаллид характерны метацеркарий с развитой половой системой. Созревание мариты в окончательном хозяине наступает через несколько часов после заражения; при этом не происходит значительного роста паразита. Размеры трематод, содержащих развитые яйца, немного или даже совсем не превышают размеры метацеркарий. Среди микрофаллид имеются и прогенетические формы (Microphallus minus Ochi, 1928; Pseudolevinseniella cheni Tsai, 1955; Maritrema eroliae Yamaguti, 1939, и др.). Особенно интересны данные относительно Maritreminoides caridinae Yamaguti et Nisimura, 1944; инцистированные метацеркарий этого вида, находясь в цисте, начинают продуцировать яйца и даже откладывают их, так как свободное пространство внутри цисты заполняется яйцами.
Огата (Ogata, 1951) отмечает, что инцистированные метацеркарий Maritrema eroliae, содержащие яйца, имели в семяприемнике сперму, следовательно, у них происходит самооплодотворение.
К настоящему времени полностью выяснен цикл развития 17 видов микрофаллид, что составляет от числа известных видов 16,6%, и частично — 22 видов — 21,5%. Относительно большой процент частично выясненных циклов объясняется как раз тем, что в дополнительном хозяине метацеркария полностью сформирована, поэтому легко судить о видовой принадлежности даже без постановки эксперимента по заражению дефинитивных хозяев.
Некоторые виды микрофаллид описаны по метацеркариям, а естественные дефинитивные хозяева не выявлены (Maritrema kitanensis Shibue, 1955; Microphallus minus Ochi, 1928, и др.).