Женская половая система. Яичник у большинства микрофаллид занимает латеральное положение несколько впереди, позади или на уровне брюшной присоски.
Как правило, он расположен справа, исключение составляют роды Microphalloides, Odhneria и Gynaecotyla; у них яичник лежит слева. У Maritrema pulcherrima яичник находится почти перед брюшной присоской. У видов Maritrema subdolum, М. acadiae и Рseudomaritrema posterolecithale яичник помещается позади брюшной присоски и почти на медиальной линии тела.
Форма яичника варьирует от шаровидной до овальной, в большинстве случаев с гладкими краями. У Levinseniella cruci, Maritrema eroliae, M. urayescensis, Endocotyle incana и Pseudomaritrema postherolecithale яичник более или менее лопастной.
Яйцевод всегда отходит от задне-медианного края яичника и направляется под углом к медианной линии. У некоторых видов Microphallus nicolli, М. minus перед входом в оотип яйцевод образует расширение (ovijector). В оотип открываются железы Мелиса. Для большинства видов наличие семяприемника не указывается, так как он трудно различим на тотальных препаратах, но может быть он и имеется у многих видов. У Levinseniella propinqua семяприемник хорошо различим у экземпляров без яиц. На живых трематодах видно, что он наполнен спермиями.
Расширенный участок яйцевода Levinseniella tridigitata Деблок, Капрон и Биге (1958) рассматривают как простой семяприемник. L. amnicolae (Этджес, 1953) имеет семяприемник овальной формы, расположенный правее оотипа. Семяприемник Pseudolevinseniella cheni (Tsai, 1955) хорошо выражен, веретеновидной формы. Лей (Leigh, 1958) сообщает, что у Microphallus turgidus он открывается в яйцевод вблизи впадения желточного протока. У Atriotrema lecitho later ale семяприемник овальной формы и расположен за брюшной присоской по медианной линии.
Наличие лаурерова канала отмечено у многих видов, он выходит из оотипа и открывается на спинной стороне тела.