За предглоткой идет глотка овальной или шаровидной формы, снабженная хорошо развитой мускулатурой. Глотка переходит в пищевод различной длины, а от него тянутся две ветви кишечника.
У Microphallus bariurus — одна ветвь кишечника бутылковидной формы. Бифуркация ветвей кишечника может располагаться на разных уровнях: на границе передней четверти тела — у Pseudolevinseniella cheni, на границе первой трети тела у — Maritrema ovata и позади середины тела — у Microphallus excellens. Ветви кишечника расходятся к латеральным краям тела под разными углами: у P. cheni они идут под углом почти 180°, у Microphalloides japonicus расходятся под тупым углом, у большинства же видов микрофаллид образуют острый угол.
Стенка кишечника состоит из одного слоя эпителия из крупных клеток. Форма ветвей кишечника разнообразна, они могут быть заострены на конце или, наоборот, вздуты, что часто зависит от степени наполнения их пищей.
Протяженность ветвей кишечника варьирует у разных видов: у Pseudolevinseniella cheni, Numeniotrema musculosa, Maritrema nicolli и у других они не доходят до брюшной присоски. У преобладающего числа видов микрофаллид она оканчивается на уровне брюшной присоски или же доходит до области семенников. Diacetabulum curvicolon имеет наиболее длинные кишечные ветви, идущие за брюшную присоску. Затем они загибаются, проходят между яичником и семенниками, направляясь друг к другу почти до медианной линии. У D. rigini ветви кишечника лишь слегка загнуты.