Семенной пузырек трубковидный, расположен у переднего конца половой бурсы. Его длина 0,11 мм, ширина 0,045 мм.
Семенной пузырек открывается в трубковидную простатическую часть длиною 0,25 мм, шириною 0,04 мм. Простатическую часть окружает большое количество простатических железистых клеток. Семяизвергательный проток открывается в половой синус в середине половой лопасти на левой стороне и почти делит последнюю на две части. Половая лопасть представляет собой мышечный орган ложковидной формы; она расположена внутри полового синуса.
Яичник овальный, локализуется в передней трети тела, справа от кишечника, на расстоянии 0,35 мм от переднего конца. Его длина 0,10 мм, ширина 0,14 мм. Яйцевод начинается от задней области яичника и проходит вправо, где принимает проток от семяприемника, представляющего собой небольшой пузырьковидный орган, образованный расширением лаурерова канала; семяприемник расположен на дорзальной стороне кишечника, его длина 0,025 мм, ширина 0,016 мм. Желточные железы состоят из крупных фолликулов, которые проходят продольно по каждой стороне передней области тела. Они тянутся от заднего края передней присоски до середины яичника. Фолликулы имеют округлую или овальную форму; их 14 на левой стороне и 15 на правой стороне тела.
Оба желточных протока соединяются в один, который открывается в яйцевод. Матка начинается близко от желточного протока и проходит назад до переднего края заднего семенника. Затем она простирается вперед слева и доходит до переднего края яичника, где поворачивает и идет зигзагообразно по направлению к заднему концу тела и открывается в половой синус на левой стороне. Имеется хорошо развитый мышечный метратерм. Половой синус представляет собой большой мешок, окружающий половую лопасть; он доходит до заднего конца тела.
Яйца овальные, с тонкой оболочкой, Их длина 0,016—0,02 мм, ширина 0,012—0,015 мм.
Гупта считает, что Neobucephalopsis gauhatiensis отличается от всех известных видов данного рода положением семенников (по одному на каждой стороне половой бурсы), размером половой бурсы, достигающей 1/2 длины тела, положением фаринкса, расположенного позади от переднего семенника, и протяжением петель матки.