Женские половые органы состоят из сферического цельнокрайного яичника, который обычно меньше каждого из семенников.
В виде исключения яичник бывает лопастной (род Paurorhynchus). Он расположен чаще всего впереди от переднего семенника и ближе к правой стороне медианной плоскости тела, иногда между семенниками, реже позади них (подсемейство Neoprosorhynchinae). Иногда яичник расположен на левой стороне тела, напротив семенников. От яичника отходит яйцевод, который на своем коротком пути принимает оба общих желточных протока и очень тонкий лауреров канал, а затем продолжается в виде матки. Семяприемник чаще всего отсутствует. Желточники в виде двух групп, состоящих из сферических фолликулов, расположены обычно ближе к переднему концу вдоль латеральных сторон тела; иногда они соединяются впереди на медианной линии, образуя арку. Количество фолликулов варьирует у разных видов; группа, расположенная напротив яичника (левая), обычно проходит дальше назад, чем правая.
От каждого желточника отходит сравнительно широкий желточный проток, обычно заполненный желточными гранулами. Он тянется параллельно сторонам тела. Правый и левый желточные протоки соединяются позади яичника. Матка является продолжением яйцевода; у зрелых трематод ее петли заполняют переднюю и заднюю области тела. Впереди ее обычной границей является передняя граница желточников, но в очень немногих случаях петли матки могут заходить за нее. Позади терминальная часть матки соединяется с терминальной частью мужских половых протоков. Имеется общий половой атриум.
Яйца многочисленные, маленькие, золотисто-желтоватого цвета, с тонкой оболочкой, без филаментов. На узком конце яйца имеется крышечка.
Экскреторный пузырь представляет собою вытянутый мешковидный орган. Верма (1936) утверждал, что он наблюдал у некоторых описанных им видов Y-образную форму экскреторного пузыря. Последний открывается самостоятельным отверстием, терминально на заднем конце тела. Озаки (Ozaki, 1924) описал вид Prosorhynchus uniporus, считая, что половые протоки и экскреторный пузырь соединяются вместе и открываются в одно отверстие. Ямагути (1937) считает, что экскреторное отверстие у этого вида открывается рядом с половым отверстием.