Глубоколопастной яичник расположен дорзально от брюшной присоски. Древовидно разветвляющиеся желточники своей основной массой лежат на вентральной поверхности тела и только фолликулы, находящиеся близ боковых краев тела, проникают на дорзальную сторону.
Начинаются желточники несколько кпереди от брюшной присоски, а кончаются, переходя уровень заднего края семенников. Петли матки, расположенные позади брюшной присоски, занимают только пространство в промежутке между кишечными стволами. Нисходящая ветвь матки концентрируется, образуя поперечные извивы на той стороне тела, где находятся половые отверстия.
Непосредственно перед экскреторным пузырем петли матки переходят на другую сторону тела, превращаясь в восходящую ветвь, направляются к передней части тела, образуя равным образом поперечные извилины. Теперь матка проходит в промежутке между семенниками, далее проникает дорзально от брюшной присоски и формирует довольно многочисленные сплетения в пространстве между развилком кишечника и брюшной присоской. После этого матка, освобождаясь от своих петель, переходит в прямой трубчатый канал, который пересекает кишечную бифуркацию, проходит некоторое пространство рядом с половой бурсой, после чего внезапно делает поворот в латеральном направлении и, доходя до края тела, открывается наружным половым отверстием.
Яйца овальной формы, достигают 0,024—0,0273 мм в длину и 0,013 мм в ширину.
Мы приводим два оригинальных рисунка этого вида от кряковой утки из Ростовской области и чирка Anas сгесса из Западной Сибири. Последний экземпляр значительно старше первого, тем не менее матка у него сохраняет свое антероцекальное положение, что является одним из характерных признаков рода Schistogonimus.
Schistogonimus rarus (Braun, 1901) от кряквы Anas plathyrhynchos (по Скрябину, 1961)
Schistogonimus rarus (Braun, 1901) от чирка Anascrecca (по Скрябину, 1961)