Половое отверстие представляет собой длинную, расположенную но диагонали щель; она находится близко к левому переднему краю брюшной присоски.
Половое отверстие имеет приблизительно одинаковую длину с отверстием брюшной присоски. Семенники гладкие; они лежат тесно рядом один позади другого между кишечными стволами, кзади от середины тела; длина их превышает ширину. Пространство за семенниками 0,337— 0,570 мм, что составляет около 1/6 общей длины тела.
Половая бурса изогнутая, колбовидной формы, обычно заходит за задний край брюшной присоски, иногда лишь доходит до него. Наружный и внутренний семенные пузырьки имеются, последний обычно незаметный; имеется крупная простатическая часть; циррус с тонкими стенками. Крупный половой атриум имеет толстые стенки; метратерм широкий. Шаровидный медианный яичник отделен от переднего семенника крупным сферическим семяприемником. Лауреров канал имеется. Матка у основания метратерма окружена железистыми клетками. Желточники расположены от уровня заднего края брюшной присоски кзади; они окружают кишечные стволы и сливаются позади семенников. Размеры яиц 0,060—0,068x0,034—0,054 мм, но обычно 0,066x0,036 мм.
Экскреторный пузырь представляет собой узкий извилистый канал, тянущийся кпереди до заднего конца фаринкса; близко от заднего конца фаринкса с ним соединяются две пары небольших собирательных экскреторных канальцев.
Своеобразные отростки на фаринксе отличают этот вид, говорит Мантер, от других видов. Слабо поднятый край фаринкса у Opechona menidiae Manler, 1947 в отдаленной степени напоминает эти отростки (похожи на зачатки таких отростков). Протяжением желточников Opechona pharyngodactyla похож на Opechona bacillaris, O. scombri и O. orientalis. Он отличается от всех видов рода, возможно, за исключением O. scombri, тем, что фаринкс у него длиннее пищевода и псевдопищевода взятых вместе. Яйца O. pharyngodactyla крупнее яиц O. scombri и O. orientalis. От последнего вида он отличается также тем, что не имеет трехлопастного яичника.