Стригеидиды являются гермафродитными трематодами, в то время как генетически близкий к ним подотряд Schistosomatala объединяет раздельнополых представителей.
Половая система стригеидид состоит из половых желез или гонад, проводящих путей и органов, связанных с ними, и копулятивного аппарата. У стригеат, т. е. у форм с бисегментным телом, органы половой системы лежат в заднем сегменте. Исключение представляют желточники, фолликулы которых могут заходить и в передний сегмент. У циатокотилят, как у форм, лишенных бисегментации, гонады и их протоки лежат в границах вентральной впадины.
Отверстия выводных протоков стригеидид всегда открываются на заднем конце тела. Женские и мужские выводные протоки сливаются вместе в непарный гермафродитный канал. Последний открывается в половой атриум, сообщающийся с внешней средой через половсе отверстие. Как на своеобразие, следует указать на наличие у стригеидид дополнительных органов половой системы в виде «простатических» желез и сложного копулятивного аппарата. Стригеидиды отличаются большим разнообразием комбинаций дистальных участков выводных путей.