Брюшная присоска поперечно-овальная, вдвое больше ротовой; размеры ее 0,44x0,31 мм.
Префаринкс отсутствует. Шарообразный фаринкс, 0,06 мм в диаметре, переходит в пищевод длиной 0,13 мм. Кишечные ветви тянутся до конца тела червя.
Неправильно-овальной формы семенники локализуются в задней части тела один за другим и наискось по отношению друг к другу. Размеры переднего семенника 0,17x0,21 мм, заднего 0,19—0,24 мм. Трехлопастной яичник лежит впереди семенников, ближе к правой кишечной ветви. Его размеры 0,11x0,13 мм. Перед яичником находится грушевидной формы семяприемник, граничащий с передним семенником. Половая бурса имеет вид расширенной сзади, длинной и тонкой, слабо извитой трубки, достигающей своим задним концом уровня яичника. Половое отверстие лежит слева, немного выше бифуркации кишечника. Желточники начинаются на высоте брюшной присоски и тянутся не прерываясь до конца тела паразита. Яйца немногочисленны; их размеры 0,067—0,07х х0,032—0,03 мм.
Погорельцева отмечает, что, изучив десять экземпляров, она констатировала, что у большинства из них семенники не соприкасались между собою; лишь у двух экземпляров ею было отмечено, указанное Николлем, соприкосновение семенников. Нам представляется, пишет Погорельцева, что Podocotyle atherinae может быть с полным правом отнесен к числу самостоятельных видов рода Podocotyle.