Длина червей 1,4—3,95 мм, ширина 0,4—1,12 мм. Величина передней присоски 0,14—0,25 x 0,14—0,23 мм; размеры фаринкса 0,083—0,200 X 0,092—0,230 мм.
Брюшная присоска равна 0,220—0,394x0,311—0,394мм. Размеры семенников 0,145—0,311x0,207—0,58 и 0,145—0,311x0,207— 0,520 мм; форма их лопастная, редко цельнокрайная.
Описание вида (по Шульман-Альбовой, 1952 от Gasterosteus aculeatus, Myoxocephalus scorpius, Zoarces viviparus и Pleuronectes flesus). Длина тела варьирует от 0,75 до 4 мм. Форма яичника изменчива. В исследованном материале встречались все переходы в форме яичника от округлого и треугольного до трехлопастного и четырехлопастного, причем все эти вариации могут находиться в паразитах, взятых из одного и того же хозяина. Семенники могут быть округлыми и лопастными. У колюшки был обнаружен всего один семенник, образованный слиянием нормально имеющихся двух.
Расстояние между семенниками у некоторых особей из одной и той же рыбы достигает 0,14 мм, а у других семенники плотно прилегают друг к другу. Протяженность желточников подвержена значительной изменчивости. Встречаются особи с желточниками, заканчивающимися у заднего края, на середине, у переднего края брюшной присоски. Желточники могут доходить даже до развилка кишечника и до фаринкса. Больше того, в одном и том же экземпляре P. atomon с правой стороны желточники могут заканчиваться у середины брюшной присоски, а с левой — на уровне развилка кишечника.
Размеры яиц варьируют от 0,69 до 0,092 мм. Половая бурса в большинстве случаев заходит за задний край брюшной присоски. Однако у экземпляров из Pleuronectes flesus наблюдались, наряду с особями, у которых половая бурса была нормальной длины, и особи с гораздо более длинной половой бурсой, доходящей почти до яичника, причем экземпляры находились буквально рядом (в одном и том же хозяине) с особями, не обнаруживающими удлинения половой бурсы. В более узких пределах длина половой бурсы колеблется у всех особей P. atomon. Пищевод сравнительно длинный; точную длину его установить трудно, так как передний конец тола у P. atomon часто вытягивается и тогда пищевод становится очень длинным; наоборот, при сокращении паразита пищевод сильно укорачивается.