Половое отверстие расположено вентрально на медианной линии тела, между присосками, причем ближе к ротовой.
Половой атриум просторный и в него обычно выступает половой конус или сосочек. Размер полового атриума колеблется в материале, отнесенном к O. veliporum, в пределах 0,845—2,04 X 0,060 — 0,5 мм, в материале, отнесенном к O. cestoides, 0,243—1,250 X 0,150 — 0,620 мм; размер полового конуса у O. veliporum 0,056—1,25 X 0,035 — 0,43 мы и у O. cestoides 0,168—0,390 X 0,149— 0,540 мм, причем у многих экземпляров половой конус совершенно отсутствует, а часто бывает рудиментарным.
Из 10 вскрытых экземпляров O. veliporum у шести сосочек совершенно отсутствовал, у трех был маленький и у одного — крупный, тогда как среди восьми O. cestoides только у одного не было сосочка. Хотя половой сосочек всегда считался отличительным признаком рода Otodistomum, это неправильно, так как он может целиком втягиваться и не может служить таксономическим признаком благодаря своему непостоянству.
У O. veliporum из Тихого океана половой атриум почти всегда направ лен резко назад и лишь слегка дорзально, тогда как у атлантической формы (O. cestoides) атриум почти целиком направлен дорзально и лишь немного назад. У одного экземпляра O. cestoides с выпяченным сосочком семяизвергательный канал был несколько согнут даже внутри сосочка, а у O. veliporum он был совсем прямым. Вероятно, половой сосочек выполняет функцию копулятивного органа.
Семенники лежат, обычно соприкасаясь один позади другого на медианной линии, приблизительно в центре тела, и задний всегда бывает несколько крупнее переднего. У взрослых O. cestoides передний семенник достигал 0,62 —1,25 X 0,80—1,12 мм, задний 0,8—1,37 X 0,8—1,2 мм. У O. veliporum семенники были несколько крупнее. Vasa efferentia сначала лежат вентральнее матки, дальше постепенно переходят на ее дорзальную сторону и несколько впереди заднего края половой бурсы снова заворачивают вентрально.
Оба протока соединяются лишь непосредственно перед вхождением в семенной пузырек. Такое положение существует у O. cestoides и O. veliporum, хотя Мюльшлаг указывает, что протоки выходят из передних медианных краев семенников и соединяются в общем протоке дорзально от половой бурсы. Диаметр vas deferens достигает 0,026— 0,039 мм.