Желточники заполняют пространство позади семенников, за исключением узкой медианной полоски и начинаются спереди несколько впереди яичника или на середине расстояния между яичником и задним краем брюшной присоски.
Семенники удлиненно-овальные или эллиптические и расположены приблизительно на середине задней части тела медианно и всегда настолько прилегают один к другому, что прилегающие края несколько сплюснуты. У большинства экземпляров задний семенник несколько крупнее, достигая 0,244—0,335x0,241—0,252 мм, в то время как размер переднего равен 0,238—0,326 х 0,218—0,242 мм. Шаровидный яичник, 0,092—0,110 мм в диаметре, лежит медианно, к его заднему краю примыкает тельце Мелиса, простирающееся до переднего края переднего семенника. Вентрально над задним краем тельца Мелиса лежит маленький шаровидный желточный резервуар 0,065 мм в диаметре; он может быть поперечно-овальным и тогда достигает 0,052x0,081 мм. Матка короткая и содержит небольшое число продолговато-овальных яиц 0,0840—0,0864x0,0552—0,0576 мм.
Расстояние между развилком кишечника и передним краем брюшной присоски равно 0,15—0,16 мм. Мышечная половая бурса имеет грушевидную форму и достигает в длину 0,163—0,238 мм при максимальной ширине 0,095—0,136 мм. Ее расширенный задний конец доходит дорзально до середины брюшной присоски.
В связи с тем, что, помимо Echinopryphium baculus (Diesing, 1850), имеются и другие эхиностоматиды с 45 шипами на аборальном диске, паразитирующие тоже в кишечнике водоплавающих птиц, Дитц (1910) проанализировал большой материал, хранящийся в различных европейских музеях, с целью точно установить, какие трематоды и от каких хозяев являются истинными представителями Echinoparyphium baculus.
В Грейфсвальдской коллекции,— пишет Дитц,— под именем Dist. echinatum хранятся несколько экземпляров от Anas clangula, тоже имеющих 45 шипов па головном воротнике. Из них 18 более мелких шипов (0,0360x0,0096 мм) образуют оральный ряд, а 19 более крупных (0,048 х X 0,012 мм)— аборальный. На концах этих рядов, на вентральных лопастях помещаются по четыре более крупных шипа (0,0528—0,0576 х 0,0120 мм), расположенных попарно.