Локализация цист в теле дополнительного хозяина весьма различна. Например, в теле моллюсков цисты могут находиться в мантии, легком, пищеварительных железах, сердечной сумке, ноге и других органах, тогда как у личинок земноводных они чаще всего встречаются в почках.
Количество цист, найденное в том или ином дополнительном хозяине, различно. Иногда встречается только одна циста, но нередки случаи, когда число их достигает нескольких сотен. Цисты довольно прочны и живут продолжительное время.
Джонстон (1920), поставивший ряд экспериментов с целью выявления устойчивости цист, сообщил, что цисты, находящиеся в мертвых моллюсках или в воде, могут сохранять жизнеспособность более 6 недель. Цисты отдельных видов эхиностоматид различаются как по форме, так и по строению. У Hypoderaeum conoideum (по данным Матиаса) цисты прозрачны, шарообразны, и достигают около 0,106 мм в диаметре. Стенки их тонки и гибки. Снаружи цисты окружены капсулой, образованной из элементов тканей хозяина, причем при сильном давлении капсула может отделяться.
Внутри цисты находится метацеркарий, который первое время, после образования способен совершать отдельные движения, а затем становится неподвижным. У метацеркария хорошо заметны некоторые выделительные сосуды, пищеварительный канал, две присоски и головной воротник, снабженный шипами. Цисты Echinoparyphium aconiatum (по данным Рейх, 1927) тонкостенны и имеют в поперечном наружном диаметре (судя по данным промеров многих экземпляров) 0,26—0,28 мм, а их внутренний диаметр равен 0,23 мм.